私のメインメーラー「Yahoo! Mail」ですが、メールのバックアップ＆削除の方法を考えてみました。例えば、去年のメールをバックアップ後、削除する場合。
「メールオプション」→「メール保存」を選択。
フォルダ：すべてのフォルダ 日付：指定日より前 - 2005年12月31日
を選択して、バックアップ。次に去年のメールを削除する為に「メールの検索」→「高度な検索」で、
From：検索ワードを含む - @ 日付：指定日より前 - 2005年12月31日 フォルダ内を検索：すべてを選択
で、検索されたメールを削除する。
これで、フォルダ振り分けしてても、全てのメールをバックアップできるはず。試してませんが（笑）