コマ落ちと音とびはハードディスクの状態に大きく影響します。
できれば専用のハードディスクを用意して作業が終わる度に初期化して使用すればトラブルも少ないかと思います。
また、Firewire にビデオカメラと作業用ハードディスクを繋ぐのも良くないようです。この場合、ビデオカメラに書き出す信号と編集した動画を読み出す信号が同じバスを使用するので転送速度の低下が見られます。
- 転送速度の速いディスク
- ハードディスクのドライバは最新のものにしておく
- 作業後は初期化（最適化）してベストの状態を保つ
- ビデオカメラと同じバスに作業用ハードディスクを繋がない
- 書き出すまで iMovie のゴミ箱は空にしない
以上のことを考慮してハードディスクを準備すれば、快適に編集できるのではないでしょうか？