Movable Type 3.x の Atom フィード(デフォルト・テンプレートの場合)に不具合があるらしい。
不具合の内容は下記のページを参照してください。
私は複数のブログを作っていて、ひとつひとつのテンプレートを修正するのが面倒くさかったので、システム全体の検索・置換機能でやりました。
「管理画面」→「検索・置換」→「テンプレート」で、以下のコードを検索。
<id>tag:<$MTBlogHost exclude_port="1" encode_xml="1"$>,<$MTDate format="%Y"$>:<$MTBlogRelativeURL encode_xml="1"$>/<$MTBlogID$></id>
検索結果の出力ファイル名が「atom.xml」である事を確認し、以下のコードで置換。
<id>tag:<$MTBlogHost exclude_port="1" encode_xml="1"$>,2006:<$MTBlogRelativeURL encode_xml="1"$>/<$MTBlogID$></id>
全てのブログを再構築。
以上、ご利用は自己責任で…。