写真をカメラやメディアから読み込むには、画面左上の「Import」ボタンをクリックします。
するとメディアにある写真の一覧が表示されますので、回転させておきたい写真は回転しておきます。
その時、画面右下にある「Exclude Duplicates」にチェックが入っていると、すでに読み込んである画像は読み込まなくなるみたいですね。
一通り回転させたら、画面右下の「Finish」ボタンをクリックします。
ダイアログが表示されるので、フォルダ名を入力して「Finish」をクリックすると読み込みを開始します。
この時、「Delete original picture(s) from source when import is complete」のチェックを入れておくと読み込み完了後にカメラ・メディアのオリジナルを削除するみたいです。
読み込んだ写真は、[Tools]-[Options]-[General]-[Save Imported Pictures In] で指定しておいたフォルダに保存されます。