システムの再インストール時に、よくバックアップし忘れるのがユーザー辞書です。
Microsoft IME 2000 の場合、今使っている辞書の場所は、[コントロールパネル]-[キーボード]-[入力ロケール]-[IME の設定]-[辞書/学習]-[ユーザー辞書]-[辞書名] に書かれています。
このファイルを適当な場所（増設したハードディスクなど）に移動しておいて、他のファイルと一緒にバックアップ出来るようにしておきましょう。
私はユーザー辞書を増設したハードディスクに移動して、先ほどの設定画面で移動したファイルを参照するよう設定しています。