レジストリを使わず、アプリケーションと同じ階層に初期設定ファイルができる様な Windows の小さいツール（ユーティリティ）はどこに置いておけば良いんでしょうねぇー。
アプリケーションの入ったフォルダをコピーするだけで設定もそのまま移行できるので、マシン移行の時は再インストールせずに単純なファイルコピーだけで済ましたいんですが…。
例えば、C:\Program Files\ の中に入れておくと、インストーラーを使ってインストールしないと起動しないソフトと区別がつかなくなるので、C:\Tools\ フォルダを作ってそこにまとめて置こうかなぁなんて思うんですがどうでしょう？